5-Ethinyl-2'-Desoxyuridin

5-Ethinyl-2'-Desoxyuridin, kurz EdU, ist ein Nukleosidanalogon, das in die DNA eingebaut werden kann. Es wird in der molekularbiologischen Forschung zur Analyse der DNA-Synthese verwendet und benötigt keine Antikörper zur Detektion.

EdU hat die Summenformel C₁₁H₁₂N₂O₅ und besitzt ein Molekulargewicht von 252,23 g/mol. Es besteht aus einer Desoxyribose, die mit einem Thyminanalogon verbunden ist. Wichtig für seine Funktion ist eine Alkingruppe (Kohlenwasserstoff mit Dreifachbindung).

EdU kann zur Verfolgung der Replikation verwendet werden. Das Nukleosidanalogon wird über einen definierten Zeitraum in hoher Konzentration zu kultivierten Zellen hinzugegeben. Diese werden trotz der hohen Spezifität der DNA-Polymerasen anstelle von Thymidin in die DNA eingebaut.

Die Detektion erfolgt durch Zugabe eines fluoreszierenden Farbstoffs, der kovalent mit einem Azid verbunden ist. Durch Kupfer-katalysierte Click-Chemie bindet das Azid an die Alkingruppe. Die DNA kann nun im Fluoreszenzmikroskop detektiert werden.

In früheren Varianten dieses Assays wurde das Nukleosidanalogon BrdU verwendet, welches jedoch Antikörper zur Detektion benötigte. Antikörper sind wesentlich größer als die im EdU-Assay verwendeten Farbstoffe, weshalb hier zusätzlich die Denaturierung der DNA nötig ist.

• Cavanagh, B. L., Walker, T., Norazit, A. & Meedeniya, A. C. Thymidine analogues for tracking DNA synthesis. Molecules (Basel, Switzerland) 16, 7980-7993, doi:10.3390/molecules16097980 (2011).
• Hua H, Kearsey SE. Monitoring DNA replication in fission yeast by incorporation of 5-ethynyl-2'-deoxyuridine. Nucleic Acids Res. 2011;39(9):e60.