Transkriptom
Englisch: transcriptome
Definition
Als Transkriptom bezeichnet man die Gesamtheit aller RNA-Transkripte, die zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle gebildet werden. Es umfasst sowohl kodierende (mRNA) als auch nicht-kodierende RNAs und spiegelt damit den aktuellen Aktivitätszustand der Gene innerhalb der Zelle wider. Mit der Erfassung und Analyse des Transkriptoms befasst sich die Transkriptomik.
Hintergrund
Die gesamte Erbinformation einer Zelle besteht aus einer riesigen Menge von Genen. Es werden aber nur wenige Gene zur Aufrechterhaltung der Grundfunktionen einer lebenden Zelle benötigt. Sie werden als Haushaltsgene ("housekeeping genes") bezeichnet. Ein großer Teil der Gene korreliert jedoch mit speziellen Funktionen, die je nach Bedarf an- oder abgeschaltet werden. So besitzen Nerven- und Hautzellen eines Menschen zwar das gleiche Genom, weisen jedoch ein unterschiedliches Transkriptom auf.
Klinische Relevanz
Das Transkriptom wird häufig bei der Grundlagenforschung von Krankheiten angewendet. Hierbei fallen sehr große Datenmengen an, die anschließend statistisch (z.B. p-Value, 50-most-up or down regulated genes) oder anhand spezieller Fragestellungen (z.B. Entzündungsmarker) analysiert werden. Die Ergebnisse lassen Rückschlüsse auf veränderte Stoffwechselwege oder Proteinexpressionen einer Erkrankung zu und können zur Identifizierung von Drug Targets genutzt werden.
Das Transkriptom hilft auch, den Aufbau von Organen und deren zelluläre Entwicklungsprozesse besser zu verstehen. Insbesondere die Einzelzell-Transkriptomik (SCT) ist hilfreich, heterogene Zellpopulationen wie etwa im Endometrium zu analysieren.