Nukleotidsequenz

Synonym: "Basensequenz"

1 Definition

Die Nukleotidsequenz gibt in der Genetik die Abfolge der Nukleotide in einem DNA- oder RNA-Bereich an, z.B. ...AGGATTAGGCCTG...

2 Abkürzungen

Nach Konvention steht jeder Buchstabe der Nukleotidsequenz für ein Nukleotid.

• A für Adenin
• G für Guanin
• C für Cytosin
• T für Thymin

In der RNA kommt das U für Uracil vor. Es ersetzt das Thymin.

3 Richtung der Sequenz

Diese Repräsentation der DNA-Sequenz wird zur Absicherung in den großen öffentlichen genomischen Datenbanken wie z.B. GenBank verwendet. Die Sequenz wird üblicherweise nach Konvention vom 5'-Ende zum 3'-Ende des kodierenden Stranges aufgeschrieben, also in der selben Richtung, wie die Polymerasen oder die Ribosomen über den Strang laufen.

4 Nutzen

Aufgrund der Darstellung als Symbolfolge lässt sich die DNA so sehr einfach statistisch untersuchen. Dabei wird die Häufigkeit so genannter n-Tupel untersucht, d.h. das Vorkommen von Teilwörtern der Länge n. So taucht im menschlichen Genom im Mittel die Folge "CG" deutlich seltener auf als alle anderen 2er-Wörter. Die lokalen Häufigkeitsverteilungen verschiedener Nukleotidwörter können erste Hinweise auf die Funktionen bestimmter DNA-Abschnitte geben (CpG-Inseln, Stoppcodons, Sequenzenden von Introns).