Polymerasekettenreaktion mit sequenz-spezifischen Oligonukleotiden

Definition

Bei der Polymerasekettenreaktion mit sequenz-spezifischen Oligonukleotiden, kurz PCR-SSO, handelt es sich um eine Variante der Polymerasekettenreaktion, die vor allem in der HLA-Typisierung eingesetzt wird.

Ablauf

Zuerst wird eine herkömmliche PCR durchgeführt, bei der größere DNA-Bereiche (meist vollständige Exons) mit dem MHC-Lokus amplifiziert werden. In einem weiteren Schritt wird das PCR-Produkt auf eine Trägermatrix aufgetragen und mit sequenz-spezifischen Oligonukleotiden hybridisiert. Dieses Verfahren wird auch als "Dot-Blot-Verfahren" bezeichnet. Handelt es sich um DNA-Sonden, die fixiert auf einer Trägermatrix vorliegen, bezeichnet man das Vorgehen als "Reverse-Dot-Blot-Verfahren".

Die Hybridisierungsreaktion kann anschließend über eine Farbreaktion sichtbar gemacht werden. Für die Auswertung der PCR-SSO wird eine speziell geeignete Software benötigt.

Quellen

www.transfusion.at – Molekularbiologische Testmethoden, abgerufen am 10.07.2023
trillium Medizinischer Fachverlag – Vom Mikrotoxizitätstest zur Gensequenzierung, abgerufen am 10.07.2023