Exom

Beim Exom handelt sich um die gesamte DNA, die zur Kodierung von Proteinen fähig ist. Beim Menschen umfasst dies die Sequenzen von mehr als 22.000 Genen. Diese machen etwa 1–2 % des gesamten humanen Erbgutes aus und entsprechen rund 30 Millionen Basenpaaren. Die kodierenden Bereiche sind in der Regel in ihrer Sequenz sehr viel höher konserviert als die nicht-kodierenden Bereiche der DNA.

Im menschlichen Exom sind über 85 % der bekannten krankheitsverursachenden Mutationen lokalisiert, die zu teilweise schwerwiegenden genetisch-bedingten Erkrankungen führen können.

In der medizinischen Diagnostik wird, meist aus Kostengründen, vor allem das Exom zur Sequenzierung verwendet (Exom-Diagnostik). Sie umfasst dabei folgende Schritte:

• Vervielfältigung bzw. Anreicherung des Exonbereiche, einschließlich der Mitochondrien-DNA
• Sequenzierung der angereicherten DNA (Whole-Exome Sequencing, WES) – meist mithilfe einer massiven parallelen Sequenzierung
• Kartierung der entsprechenden DNA-Abschnitte („reads“) auf ein Referenz-Genom
• Detektion der Varianten („variant calling“)
• Kommentierung („annotation“) und Interpretation der Varianten