Rho-Faktor

Damit während der Transkription eine RNA mit korrekter Länge entsteht, muss nicht nur der Beginn (Initiation), sondern auch das Ende (Termination) genau definiert sein. Die Termination muss dazu führen, dass sich die RNA-Polymerase von der DNA löst und die entstandene RNA-Kette freigibt. In Prokaryoten kann dies über eine palindromische Sequenz in der DNA geschehen, die zu einer terminierenden Haarnadelstruktur in der RNA führt, oder durch den Rho-Faktor. Letzteres wird dann als Rho-abhängige Termination bezeichnet.^[1] In Escherichia coli kommen beide Mechanismen etwa gleich häufig vor.^[2]

Rho ist ein ringförmiges Hexamer und besitzt Helikase-Aktivität. Jedes Monomer besteht aus zwei Domänen. Es existieren zwei mRNA-Bindungsstellen, welche als 1° und 2° bezeichnet werden. Die N-terminale Domäne enthält die Bindungsstelle 1°, mittels der die initiale Bindung an die RNA vermittelt wird. 2° befindet sich am C-Terminus und ist für die Translokation an der RNA verantwortlich.

Die Rekrutierung von Rho wird durch die spezifische Sequenz rut vermittelt. Rho bindet während der Transkription direkt an die wachsende RNA und bewegt sich in Richtung der RNA-Polymerase. Die Energie für diese Translokation wird durch die Hydrolyse von ATP bereitgestellt. Sobald Rho auf die Polymerase trifft, katalysiert es die Trennung der RNA von der DNA durch seine Funktion als Helikase.^[2]