Konsensussequenz

Englisch: consensus sequence, canonical sequence

Definition

Unter einer Konsensussequenz versteht man in der Molekularbiologie die Abfolge von Residuen einer Nukleotid- oder Aminosäurenkette, die am häufigsten auftritt, wenn man in einem Sequenzalignment verschiedene Sequenzen miteinander vergleicht.

Notation

Konsensussequenzen von Nukleotidketten werden durch die Basensymbole A, C, G, T und U dargestellt. Sind sie mehrdeutig, steht "Y" für eine beliebige Pyrimidinbase, "R" für eine beliebige Purinbase, "N" für eine beliebige Base. Angaben in eckiger Klammer führen alternative Residuen auf, "[AG]" bedeutet zum Beispiel, dass an dieser Stelle entweder Adenin oder Guanin stehen kann. Angaben in geschweifter Klammer stehen für Exklusionen. "{T}" bedeutet, dass jede Base außer T an dieser Stelle auftauchen kann.

Beispiel: G[AG]N{T}RY