Intermembranraum

Porine in der äußeren Mitochondrienmembran erlauben es Ionen und kleineren Proteinen unter 5 kDa frei vom Zytosol in den Intermembranraum zu wechseln. Deshalb ähnelt seine chemische Zusammensetzung in Bezug auf kleinmolekulare Verbindungen dem Zytosol. Der Transport von Ionen und kleinen Molekülen über die innere Mitochondrienmembran erfordert hingegen spezielle Transportproteine, da diese Membran für polare Moleküle impermeabel ist.

Im Mitochondrium spielt der Intermembranraum eine zentrale Rolle im Rahmen der Atmungskette. Die Komplexe I, III und IV transportieren Protonen in den Intermembranraum und erzeugen so die protonenmotorische Kraft. Des Weiteren befindet sich Cytochrom C im Intermembranraum und ist locker an die Außenseite der inneren Mitochondrienmembran gebunden. Es sorgt in seiner reduzierten Form für den Elektronentransport von Komplex III zu Komplex IV der Atmungskette.