Sequenzvergleich: Unterschied zwischen den Versionen

Version vom 7. März 2024, 12:52 Uhr

Englisch: sequence comparison

Definition

Der Sequenzvergleich ist eine Methode der Bioinformatik, bei der Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen auf ihre Ähnlichkeit überprüft werden.

Anwendungsgebiete

Durch den Sequenzvergleich können Rückschlüsse auf die Ähnlichkeit der Struktur und der Funktion von Proteinen gezogen werden. Auch Genmutationen lassen sich durch den Vergleich mit bekannten Nukleotidsequenzen identifizieren.

Methoden

Kurze Sequenzen werden i.d.R. manuell verglichen. Längere Sequenzen erfordern den Einsatz von Algorithmen, die Sequenzen global oder lokal vergleichen. Dabei wird entweder die gesamte Sequenz betrachtet (globales Alignment) oder der Fokus auf ähnliche Sequenzbereiche gelegt (lokales Alignment). Zur Auswertung können verschiedene Darstellungsmethoden (z.B. Dotplot) verwendet werden.

Für den Vergleich mit bestehenden und frei zugänglichen Datenbanken können Tools wie BLAST eingesetzt werden.

Quelle

Vingron et al. Sequenzvergleich. Molekulare Genetik. Nordheim A, Knippers R, Hrsg. 11., unveränderte Auflage. Stuttgart: Thieme. 2018.

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-{{Rohbau}}'''''Englisch:''' sequence comparison, sequence alignment''
+'''''Englisch:''' sequence comparison''
 == Definition ==
-Ein '''Sequenzvergleich''' ist eine Methode der [[Bioinformatik]], bei der [[Gen|Gene]] oder [[Aminosäure|Aminosäureabfolgen]] auf ihre Ähnlichkeit überprüft werden.
+Der '''Sequenzvergleich''' ist eine Methode der [[Bioinformatik]], bei der [[Nukleotidsequenz|Nukleotid-]] oder [[Aminosäuresequenz|Aminosäuresequenzen]] auf ihre Ähnlichkeit überprüft werden.
+== Anwendungsgebiete ==
+Durch den Sequenzvergleich können Rückschlüsse auf die Ähnlichkeit der [[Struktur]] und der [[Funktion]] von [[Protein|Proteinen]] gezogen werden. Auch [[Genmutation|Genmutationen]] lassen sich durch den Vergleich mit bekannten Nukleotidsequenzen identifizieren.
 == Methoden ==
-Die einfachste Methode ist der [[Dotblot]], wobei die Sequenzen in einer Matrix dargestellt und verglichen werden.
+Kurze Sequenzen werden i.d.R. manuell verglichen. Längere Sequenzen erfordern den Einsatz von Algorithmen, die Sequenzen global oder lokal vergleichen. Dabei wird entweder die gesamte Sequenz betrachtet (globales Alignment) oder der Fokus auf ähnliche Sequenzbereiche gelegt (lokales Alignment). Zur Auswertung können verschiedene Darstellungsmethoden (z.B. [[Dotplot]]) verwendet werden.
-Für größere Vergleiche mit Sequenzen aus Datenbanken wird das Alignment mit dem Programm [[BLAST]] kombiniert.
+Für den Vergleich mit bestehenden und frei zugänglichen Datenbanken können Tools wie [https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi BLAST] eingesetzt werden.
-Bei einem Alignment werden die Sequenzen untereinander aufgeschrieben und verglichen.
-[[BLAST]] beschleunigt das Alignment für große Datenmengen.
 == Quelle ==