Sequenzvergleich
Englisch: sequence comparison
1. Definition
Der Sequenzvergleich ist eine Methode der Bioinformatik, bei der Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen auf ihre Ähnlichkeit überprüft werden.
2. Anwendungsgebiete
Durch den Sequenzvergleich können Rückschlüsse auf die Ähnlichkeit von Struktur und Funktion von Proteinen gezogen werden. Auch Genmutationen lassen sich durch den Vergleich mit bekannten Nukleotidsequenzen identifizieren.
3. Methoden
Kurze Sequenzen werden i.d.R. manuell verglichen. Längere Sequenzen erfordern den Einsatz von Algorithmen, die Sequenzen global oder lokal vergleichen. Dabei wird entweder die gesamte Sequenz betrachtet ("globales Alignment") oder der Fokus auf ähnliche Sequenzbereiche gelegt ("lokales Alignment"). Zur Auswertung können verschiedene Darstellungsmethoden (z.B. Dotplot) verwendet werden.
Für den Vergleich mit bestehenden und frei zugänglichen Datenbanken können Tools wie BLAST eingesetzt werden.
4. Quelle
- Vingron et al. Sequenzvergleich. Molekulare Genetik. Nordheim A, Knippers R, Hrsg. 11., unveränderte Auflage. Stuttgart: Thieme. 2018.