Unter Taxonomie versteht man in der Biologie eine hierarchische Klassifikation (=systematische Einordnung) von Lebewesen in eine bestimmte Kategorie (z.B. Art, Gattung oder Familie) mit bestimmtem Rang innerhalb der Systematik.
Die Besonderheit bei einer Taxonomie ist, dass es sich um eine Klassifikation handelt, die eine monohierarchische Struktur aufweist. Jede Klasse hat nur eine übergeordnete Klasse. Die gesamte Klassifikation hat daher eine Baumstruktur (wie z.B. beim Stammbaum).
Die Taxonomie beschreibt die verschiedenen Spezies, ihre genetische Vielfalt und ihre phylogenetische Verwandtschaft zueinander. Zur Zeit (2015) gibt es auf der Erde etwa 2 Millionen beschriebene Arten.
Wissenschaftler, die sich mit Taxonomie beschäftigen, bezeichnet man als Taxonomen. Die Erkenntnisse der Taxonomie werden von zahlreichen Berufsfeldern genutzt, u.a. der Medizin, der Pharmakologie, der Landwirtschaft oder der Naturschutzpolitik.
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