Erkennungssequenz
Englisch: restriction recognition site, restriction site
Definition
Als Erkennungssequenz bezeichnet man spezielle DNA-Sequenzen, die von Restriktionsenzymen bzw. Restriktionsendonukleasen erkannt werden.
Hintergrund
Erkennungssequenzen sind typischerweise palindromisch aufgebaut und in der Regel 4 bis 8 Nukleotide lang. Je nach Typ des Restriktionsenzyms wird die DNA innerhalb der Erkennungssequenz gespalten oder irgendwo in ihrer Nähe.
Beispiel
Das Enzym EcoRI erkennt die erkennt die Sequenz 5'-GAATTC -3'. Es schneidet beide Stränge der DNA jeweils zwischen den Basen Guanin (G) und Adenin (A). Die dabei entstehenden Überhänge werden als "sticky ends" bezeichnet. Eine andere Erkennungssequenz 5'-CCCGGG -3' wird vom Restriktionsenzym SmaI erkannt und spaltet den Doppelstrang zwischen Cytosin (C) und Guanin (G) ohne Überhänge - dabei entstehen sogenannte "blunt ends".