PAM-Sequenz

Bei einer sogenannten PAM-Sequenz (PAM für Protospacer Adjacent Motif) handelt es sich um eine DNA-Sequenz nahe eines Protospacers.

Die PAM-Sequenz dient als Erkennungs- bzw. Targetsequenz für das CRISPR/Cas-System und befindet sich nur in der Target-DNA. Die PAM-Sequenz stellt eine Einschränkung der Wirkungsweise des Proteins Cas9/sgRNA-Komplex dar, weil nur DNA geschnitten wird, die diese Sequenz enthält.

Eine gängige PAM-Sequenz, die u.a. Anwendung im Typ II CRISPR/CAS9-System findet (im Modellorganismus Streptococcus pyogenes) ist NGG. Hierbei steht N für ein variables Nukleotid auf das zwei Guanin-Basen folgen müssen. Diese Paarung kommt im Modellorganismus häufig vor und ist daher passend.