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PAM-Sequenz

1 Definition

Bei einer sogenannten PAM-Sequenz (PAM für Protospacer Adjacent Motif) handelt es sich um eine DNA-Sequenz nahe eines Protospacers.

2 Hintergrund

Die PAM-Sequenz dient als Erkennungs- bzw. Tagetsequenz für das CRISPR/Cas-System und befindet sich nur in der Taget-DNA. Die PAM-Sequenz stellt eine Einschränkung der Wirkungsweise des Proteins Cas9/sgRNA-Komplex dar, weil nur DNA geschnitten wird, die diese Sequenz enthält.

Eine gängige PAM-Sequenz, die u.a. Anwendung im Typ II CRISPR/CAS9-System findet (im Modellorganismus Streptococcus pyogenes) ist NGG. Hierbei steht N für ein variables Nukleotid auf das zwei Guanin-Basen folgen müssen. Diese Paarung kommt im Modellorganismus häufig vor und ist daher passend.

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