Kanonisch

von lateinisch: canonicus - regelmäßig
Englisch: canonical

Definition

Der Begriff kanonisch bezeichnet in der Biologie eine typische Eigenschaft oder die häufigste Variante eines Prozesses, eines Moleküls oder einer Sequenz.

Hintergrund

Kanonisch und nicht-kanonisch besitzen in der Biologie keine strikte Definition. Meist werden sie verwendet, um typische Eigenschaften hervorzuheben. Lehrbücher beschreiben beispielsweise meist kanonische Prozesse oder Moleküle, um die Vermittlung zu vereinfachen. In der Realität existieren jedoch oft zahlreiche Abweichungen davon. Bei DNA-Sequenzen bezeichnet es immer die statistisch häufigste. Je nach Datenbank können hier aber Unterschiede auftreten.

Beispiele

Kanonischer und nicht-kanonischer Wnt-Signalweg.^[1]
Kanonische und nicht-kanonische Aminosäuren.^[2]
Kanonische und nicht-kanonische Sequenzen.^[3]
Nicht-kanonische Basenpaarung (z.B. Hoogsteen-Basenpaarung).^[4]
Nicht-kanonische Transkripte.^[5]
Nicht-kanonische Replikationsinitiation.^[6]
Kanonische und nicht-kanonische nicht-homologe Endverknüpfung (c-NHEJ und alt-NHEJ).

Quellen

↑ Mazzotta S, Neves C, Bonner RJ, Bernardo AS, Docherty K, Hoppler S. Distinctive Roles of Canonical and Noncanonical Wnt Signaling in Human Embryonic Cardiomyocyte Development. Stem Cell Reports. 2016;7(4):764-776.
↑ Leisle L, Valiyaveetil F, Mehl RA, Ahern CA. Incorporation of Non-Canonical Amino Acids. Adv Exp Med Biol. 2015;869:119-51.
↑ Erläuterung von Uniprot zur Auswahl kanonischer Sequenzen.
↑ Nagaswamy U, Voss N, Zhang Z, Fox GE. Database of non-canonical base pairs found in known RNA structures. Nucleic Acids Res. 2000;28(1):375-6.
↑ Ivan Barvík, Dominik Rejman, Natalya Panova, Hana Šanderová, Libor Krásný; Non-canonical transcription initiation: the expanding universe of transcription initiating substrates, FEMS Microbiology Reviews, Volume 41, Issue 2, 1 March 2017, Pages 131–138, https://doi.org/10.1093/femsre/fuw041
↑ Ravoitytė B, Wellinger RE. Non-Canonical Replication Initiation: You're Fired!. Genes (Basel). 2017;8(2):54. Published 2017 Jan 27. doi:10.3390/genes8020054

[1] Mazzotta S, Neves C, Bonner RJ, Bernardo AS, Docherty K, Hoppler S. Distinctive Roles of Canonical and Noncanonical Wnt Signaling in Human Embryonic Cardiomyocyte Development. Stem Cell Reports. 2016;7(4):764-776.

[2] Leisle L, Valiyaveetil F, Mehl RA, Ahern CA. Incorporation of Non-Canonical Amino Acids. Adv Exp Med Biol. 2015;869:119-51.

[3] Erläuterung von Uniprot zur Auswahl kanonischer Sequenzen.

[4] Nagaswamy U, Voss N, Zhang Z, Fox GE. Database of non-canonical base pairs found in known RNA structures. Nucleic Acids Res. 2000;28(1):375-6.

[5] Ivan Barvík, Dominik Rejman, Natalya Panova, Hana Šanderová, Libor Krásný; Non-canonical transcription initiation: the expanding universe of transcription initiating substrates, FEMS Microbiology Reviews, Volume 41, Issue 2, 1 March 2017, Pages 131–138, https://doi.org/10.1093/femsre/fuw041

[6] Ravoitytė B, Wellinger RE. Non-Canonical Replication Initiation: You're Fired!. Genes (Basel). 2017;8(2):54. Published 2017 Jan 27. doi:10.3390/genes8020054

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