Protein Data Bank
Definition
Die Protein Data Bank, kurz PDB, ist eine international zugängliche Datenbank, die eine umfassende Sammlung dreidimensionaler Strukturinformationen zu biologisch relevanten Makromolekülen bereitstellt, insbesondere von Proteinen und Nukleinsäuren.
Hintergrund
Die Protein Data Bank wurde im Jahr 1971 am Brookhaven National Laboratory unter der Leitung von Walter Hamilton gegründet und umfasste zunächst nur 7 Strukturen. Im Laufe der Zeit schlossen sich jedoch weitere Institutionen wie Rutgers, UCSD/SDSC und CARB/NIST an, um die Datenbank zu unterstützen und zu pflegen.
Im Zuge der Globalisierung und des exponentiellen Wachstums der Datenmenge wurde 2003 die Datenbank frei zugänglich gemacht. Dadurch wurde der Austausch von Strukturinformationen biologischer Makromoleküle erleichtert und die internationale wissenschaftliche Zusammenarbeit gefördert.
Anwendung
Die Protein Data Bank spielt eine interdisziplinäre wissenschaftliche Rolle und dient als umfassende und frei zugängliche Quelle für Strukturinformationen. Bioinformatiker nutzen die Datenbank für komplexe Aufgaben wie die Vorhersage und Analyse von Proteinstrukturen (z.B. Bindungsstellen, Angriffspunkte für Medikamente) oder Struktur-Funktions-Beziehungen.
Eingereichte Strukturen werden vor dem Hochladen mit Kontaktanalysetools und geometrischer Kriterien überprüft und validiert. Zusätzlich werden Metadaten wie experimentelle Methoden, Autoreninformationen und Literaturhinweise auf der Website gespeichert und aktualisiert.
Andere Webserver (z.B. Swiss-Model) nutzen die Proteindatenbank, um ebenfalls frei zugängliche Tools zur Verfügung zu stellen.
Quellen
- PDB – PDB History, abgerufen am 02.02.2024
- Biozentrum Universität Basel – SWISS-MODEL, abgerufen am 02.02.2024
- PDB –Molecule of the Month, abgerufen am 02.02.2024